Emil Racoviță a început școala la Iaşi unde l-a avut ca profesor pe Ion Creangă.  A urmat studiile liceale tot la Iaşi, mai întâi la Liceul Naţional, apoi la liceul privat „Institutele Unite”, unde a fost coleg cu Sava Atanasiu, Grigore Antipa, Dimitrie Voinov şi Nicolae Leon şi unde i-a avut ca profesori, printre alţii, pe istoricul Alexandru D. Xenopol, chimistul Petru Poni şi geologul Grigore Cobălcescu. Cel din urmă a jucat un rol cu adevărat decisiv în alegerea căii pe care tânărul său elev avea să se angajeze mai târziu, căci a ştiut să-i însămânţeze în cuget o dragoste faţă de natură care se va transforma nu peste mult timp într-o nestăvilită pasiune.

Dorința tatălui său a fost ca Emil să urmeze studiile universitare în domeniu juridic. Astfel Racoviţă a plecat la Paris, în 1886, unde a început cursurile Facultăţii de Drept. Dar pasiunea față de natură stârnită în suflet de profesorul Cobălcescu și-a spus cuvântul, astfel că, în paralel, a frecventat cu regularitate şi prelegerile pe care medicul Léonce Manouvrier le ţinea la Şcoala Superioară de Antropologie. Apoi, imediat după ce şi-a luat licenţa în drept, s-a înscris la Facultatea de Ştiinţe de la Sorbona, unde a intrat în grațiile și atenţia a doi reputaţi zoologi: profesorul Henri de Lacaze-Duthiers şi conferenţiarul Georges Pruvot.