La Timişoara, în faţa Liceului Diaconovici Loga. Membrii Consiliul profesoral al Facultăţii de Ştiinţe, reuniţi la 15 noiembrie 1943 cu prilejul aniversării profesorului Racoviţă, la împlinirea vârstei de 75 de ani.

Rândul din faţă: ?, Theodor Angheluţă, Alexandru Borza, Emil Racoviţă, Dumitru V. Ionescu, ?, ?, ?; rândul din mijloc: Ioan Tănăsescu, ?, Emil Pop, Radu Codreanu, ?, ?; rândul din spate: ?, Augustin Maior, ?.

Prin dictatul de la Viena din septembrie 1940, România este obligată să cedeze Ungariei partea de nord a Transilvaniei. În acest context Universitatea este forțată să se refugieze la Sibiu, mai puțin Facultatea de Științe care s-a refugiat la Timișoara.

Emil Racoviță pleacă și el la Timișoara, lăsând Institutul de Speologie în grija lui Chappuis. Acesta din urmă a putut să rămînă la Cluj fiind cetățean al Elveției, țară neutră în al II-lea Război Mondial.

La Timișoara, Racoviță se implică activ în problemele organizatorice și administrative necesare pentru repunerea în funcțiune a Facultății de Științe. În tot acest timp menține vie flacăra primului Institut de Speologie din lume. Aceste lucruri reies din documentele și scrisorile păstrate în Arhiva Institutului de Speologie Cluj. În continuare vă prezentăm câteva dintre aceste documente:

Vremurile grele impun găsirea de soluții tehnice ieftine și accesibile 

Răspunsul primit de Racoviță în urma unei solicitări de echipamente pentru dotarea sălii de sport a Facultății de Științe

Racoviță este implicat în soluționarea problemelor studențești. Mulți dintre studenți erau refugiați din Transilvania sau Basarabia iar unii intâmpinau mari dificultăți financiare  

În timp ce Racoviță se ocupă de bunul mers al Facultății de Științe și Institutului de Speologie, Helen, soția savantului se implica în campanii de strângere de materiale pentru susținerea ostașilor care luptau pe front. În cazul de mai sus este vorba despre o campanie de strângere de lână pentru tricotaje.

După război, Racoviță revine la Cluj, dar din păcate nu mai apucă să reorganizeze Institutul pe care îl crease. În 11 noiembrie 1947 a fost transportat la spital, iar în data de 17 noiembrie moare cel mai mare biolog al României. A fost înmormântat în cimitirul central al oraşului, cu funeralii naţionale organizate de Universitatea pe care o slujise cu atât de multă generozitate.