Echipei formate de Racoviță și Jeannel în nou înfințatul  Institut de Speologie de la Cluj, se alătură și hidrobiologul elvețian Pierre Alfred Chappuis. Acesta va primi funcția de subdirector al Institutului.

In timpul celui de-al II-lea Război Mondial a avut și funcția de Consul al Elveției, țară neutră. Neutralitatea i-a permis să rămână în Cluj și după Dictatul de la Viena din 1940, când Universitatea s-a refugiat la Timișoara și Sibiu.  

În acestă situație Chappuis  a condus Institutul de Speologie din Cluj până la instalarea regimului comunist după război, când se întoarce în Elveția.